除此之外，更让杨昭操心的事情就是在击败马柯后，张献忠以义子张能奇守保宁（治所今天阆中），义子张文秀守广元，义子张定国攻打汉中，义子张可旺共川南，左军都督马元利攻打顺庆。
在这之后，杨昭每天除了练兵，就是跑到运山古城的兵器作坊查看兵器，就是与王亨吉等人商议如何在顺庆方向，在仪陇方向设定关卡、哨所，以防止张献忠进军。
另外，这次清剿摇黄十三家让杨昭感觉到大明土地兼并非常重，各地民众收成甚少，决意在蓬州划定10个军屯之所，给没地少地的，给俘虏们进行屯耕，以解决他们生计，以增加粮食收入。
除此之外，就是军户制基本上名存实亡，各个卫所里面都是老弱病残，不但训练甚少，而且常常出现请人耕作现象。
经过商议，废除军户制，施行募兵，对募集的士兵，则其战死、或退役后，则在每年税赋方面进行一定优惠。
而军户则像其他家庭，缴纳相应的田赋，缴纳相应的三饷。
如此下来，那些按照要求提供兵丁的，税赋军饷相抵，军户稍稍有一点盈余，而那些没有提供兵丁的，则缴纳正常的赋税。
对杨昭这种举措，王亨吉等人颇为吃惊，须知道这可是高祖定下的规矩，现在怎么说改就改?
但由于杨昭坚持，再加上天高皇帝远，时事也十分紧急，如此众人只好作罢。
崇祯17年12月中旬，张献忠部将马元利攻占顺庆后，派出使者前往蓬州，声言若不投降，到时候必然率领十万大军前来攻城，到时候定让蓬州鸡犬不留。
这可引起众人不安，现在张献忠几乎占领四川全部，若以蓬州一隅与之抗衡，那无异于以卵击石。
看到张献忠使者连番威胁，众人叹息不已，有人要求竖起反张大旗，与张献忠决一死战，也有言忍辱负重，以待将来。
考虑到军队还没有练成，后方稍稍不稳，杨昭千说万说，终于说服众人，一面厉兵秣马，积极备战，而另一方面则答复使者，先稍稍稳定马元利。
这天，杨昭从运山古城出来，感到天色尚早，骑着马儿，带着朱淑嫣，一行人等来到司马相如故居。
朱淑嫣看着司马相如、卓文君住过的房子，看见他们打水的古井，抚琴的琴台，显得特别兴奋，连连嚷道，在大赋家司马相如的院子里面，若不抚琴，实在有点遗憾。
看朱淑嫣一改往日大家闺秀模样，今天变得特别高兴，杨昭笑道：郡主，在下虽然是一个秀才，但由于小的时候家境贫寒，只是偶尔听人家唱唱歌曲，至于抚琴唱歌嘛，我实在不能？
瘪了瘪嘴，朱淑嫣显得特别生气道：你不想唱，就算了。你不会唱，那个三大纪律八项要注意怎么会唱？
虽然语调平常，但听起来还是往往引起众人共鸣，这，这是不是你编的吗？
想冒前人之功，不过杨昭脸皮没有这样厚，于是只得屹立一旁，微笑不语。
旁边丫鬟香梅摇头道：看来你这个秀才，真是不学无术。你出自相如县，司马相如的歌赋，你能唱什么？
杨昭沉思良久，在脑海中仔细回忆，良久说道：哦，你这个丫鬟，竟然以为我不学无术了？司马相如的歌赋，就像凤求凰什么的，我当然会唱哦。
朱淑嫣大惊，突然令人摆上古琴，弹起来。
作为相如县的秀才，在古代不会唱《凤求凰》，如果说出去太差劲了。没有办法，杨昭顺着朱淑嫣的琴声，哼着：
有一美人兮，见之不忘。
一日不见兮，思之如狂。
凤飞翱翔兮，四海求凰。
无奈佳人兮，不在东墙。
将琴代语兮，聊写衷肠。
何日见许兮，慰我彷徨。
愿言配德兮，携手相将。
不得於飞兮，使我沦亡。
虽然五音不全（历史上司马相如有口吃），再加上完全找不着调，哼来哼去，但是一时之间难以让朱淑嫣满意。
瘪着嘴巴，在一边显得非常生气，嘟噜着说道：你，你欺负人，连这样一首歌都不会唱，还是秀才，还是相如县的秀才哦。看来你真的是不学无术啊。
杨昭连连摇头，连连解释，这首歌曲自己昔日只是听别人唱过啊，可没有唱过，本来想让郡主你高兴，谁知道竟然还是不能让你满意。
两人正在闹别扭的时候，数骑响起，亲卫大队长杨成带着几个人走了进来，杨昭一看，来者竟然是蓬州同知王亨吉、相如县令袁定，以及昔日曾在顺庆城下见过的知府府幕僚殷承柞。
看见殷承柞，杨昭笑道：殷兄，这半年下来，你们真过得风生水起啊，先是投靠李自成，再投靠张献忠，日子还过得蛮滋润吧。
殷承柞大怒，瞪着杨昭道：大人，若是讥讽在下，大可没有必要。这半年下来，那里象人过的日子，日日从贼，事事顺贼，真不是人过得。
大人，看来，张献忠也要让你过这种日子了。这是马元利给你的劝降书，你看看，该如何处理吧。
杨昭顺手递回，看了没看，说道：殷兄，看这个大概没有必要了。你去告诉马元利，我这个人就是天生贱，什么都不投靠。
南明朝廷想复辟，李自成、张献忠想当皇帝，大家也不看看时候，大家看看，如今蛮清已经占领帝京，占领山西，河南大部，如今多尔衮的铁骑已经还逼近潼关，在这个时候还汉人打汉人，难道大家还想看到元朝的悲剧重新上演，难道大家想成为国家，民族的罪人吗？
殷承柞摇头道：大人，你是当大明的知州，怎么说什么都不帮呢？君臣之道，乃天下大义，你怎么能够忍心将大明与李自成，张献忠之流相提并论呢？
杨昭笑道：殷兄，如果大明，大顺，大西放在一起，我当然是毫无保留的支持大明。但是，现在我们共同敌人是蛮清，是多尔衮，是在北京城中占据我大汉宝座的顺治啊，而不是张献忠，不是李自成，更不是什么大明啊。