1909年9月17日，满清朝廷正式发出退位诏书，立时震动天下。
“朕钦奉隆裕皇太后懿旨：前因广东起事，南北响应，九夏沸腾，生灵涂炭，商辍于途，士露于野。徒以国体一日不决，故民生一日不安。今全国人民多倾向共和，人心所向，天命可知。予何忍因一姓之尊荣，拂兆民之好恶。是用外观大势，内审舆情，特将统治权公诸全国，近慰海内厌乱望治之心，远协古圣天下为公之意。总期人民安堵，海宇乂安，仍合满汉蒙回藏五族为领土完整之大中国。予与皇帝得以退处宽闲，优游岁月，长受国民之优礼，亲见郅治之告成，岂不懿欤。钦此。”
这封退位诏书的起草，徐世昌本来是要写入龙谦的——拟由龙谦组建共和政府。但载沣坚决反对，只好作罢。另外，特意提到了“长受国民之优礼”字样，算是为满清朝廷争一争最后的待遇。
待遇如何，还要未来的当国者确认。人为刀俎，我为鱼肉，满清贵族不过是寄予一点希望而已。比如皇室的费用，比如居住地，隆裕仍想占据皇宫，至少将颐和园给皇室。但这些要求是不能写在诏书上的，只能等王士珍向龙谦讨要了。不过，徐、段二人证实鲁山大军虽占京师，但未入皇宫并派兵严密保护，总算给流落在外的满清贵族们几分安慰。
但次日来自东南的一份通电令天下士民再次震惊。
孙文在上海就任中华民国临时大总统。发自上海的通电声明，“满清退位乃顺应民意之举，中华民国临时政府深表欢迎。为迅速结束内战，提议全国各党各派立即派遣代表至上海，商讨建国大业。”
孙文通电一出，立即引发了国内各派势力的剧烈反应。正在武昌因与蒙山军和谈破裂而心忧局势的宋教仁、谭人凤至为不满，这叫什么事？蒙山军已定北方，京师已下，南方也占尽优势。这时候成立中华民国，龙谦会认？这不是自启战端吗？
谭人凤直截了当地说，“此乃无谋之举！龙谦停大兵于湖南不动，又派人来武昌商谈。已是先礼后兵。上海之举，必致无可挽回之后果！”
而停留在直隶境内的北洋诸将则有些幸灾乐祸。很想看看蒙山军将如何应对突发的态势。孙文此举不啻是对龙谦最严厉的将军，将蒙山军逼至了死角。这边清室刚刚发布了退位诏书，那边就宣布成立中华民国临时政府了，蒙山军岂能善罢甘休？
全国及世界的目光立即全部投向了上海。同时密切关注着长沙的反应，所有人都等着蒙山军表态，想知道蒙山军是什么态度。
蒙山军总部及山东、北方两军一直沉默着。
9月19日，进抵蒲圻、咸宁以南休整待命的南方军部队开始北上，这是一个明确无误的信号，蒙山军不理会孙文。他们决心武力平定全国了！
果然，9月20日，蒙山军总部发出通电，不承认中华民国临时政府及孙文的临时大总统，这份通电很有些霸道的意味。
“蒙山军自建军起。十余年间卧薪尝胆，整军经武，唯以复兴中华为最高目标。在此目标之下，我军愿意联合国内各党各派，协商成立共和政府，着手制定临时宪法并组织成立中央政府，以团结我四万万同胞。为实现中华民族的伟大复兴而努力奋斗。
自‘勘电’发出，蒙山军南北诸军迭番血战，方致清廷退位，结束统治我中华数千年已腐朽没落之封建政权。我国初现民主共和之曙光，实赖蒙山军之应用奋战。武昌举义成功，实为我南方军对清军武力压迫下的顺理成章之举。为表示我军团结各派之诚意。我南方军停止北上，派员联络武昌军政府以协商解决军事问题，足以表明我军之诚意。国内某政治派别未与我军商量，擅自成立旨在窃取蒙山军奋战成果之全国性政府，是对我蒙山奋战牺牲的数万将士的极大侮辱！对此。蒙山军数十万将士至为愤慨！今通电全国，勒令自即日起，取消伪中华民国临时政府！否则蒙山军将向东南进军，实现全国的真正统一。”
蒙山军的通电再次引发国内舆论的轩然大波。
次日，段祺瑞、冯国璋、曹锟等北洋将领发出了支持蒙山军协商建国的通电，正式亮明了北洋的态度。
同日，中华民国临时政府发出通电，对蒙山军20日通电痛加驳斥，声明国内有如此局面，是同盟会十数年奋斗之结果。龙谦窃取革命成果，首鼠两端，毫无廉耻，不配领导全国。号召全国军民站在中华民国临时政府一边，声讨并抵抗蒙山军的军事威胁，“强权永远不能战胜公理！孙文坚信，正义必将战胜邪恶，中华民国万岁！”这封署名孙文的通电以高呼口号结束。
现在，国内矛盾转为了蒙山军与同盟会之间。
话题要从8月10日那次导致同盟会分裂的东京会议说起。会后，陶成章、宋教仁、谭人凤等纷纷回国，各自选定自己的目标干起来。而孙文仍滞留于东京，筹划建立中华革命党。
1909年对于孙文是极为不利的一年。同盟会策动的武装起义连续失败，特别是失去了两广这个孙文最寄托希望的根据地，国内的力量丧失殆尽，而山头满等一直倾力支持孙文在国内夺取政权的日人也开始失望起来，认为中国局势渐趋明朗，将来或龙或袁，绝不会姓孙了。相比之下，日本人更愿意选择袁而不是龙，因为龙谦的反日情绪比袁世凯强烈的多，若是显现越来越强烈的德美色彩的龙谦集团上台，日本的对华政策将困难的多，其在华利或益将受到重大损失。但目前情况下，日本人还不愿意彻底站在袁世凯一方驱逐孙文，因为孙文毕竟在国内有着很强的影响力，孙文这张牌还没有完全褪色，还可以再打一打，还对日本人有用。
日本人的冷淡是一方面。更令孙文恼火的是党内的反对声音越来越高，特别是陶成章为代表的光复会势力和谭、宋为代表的原华兴会势力的分离趋势越发明显。8月10日的会议得到了验证，同盟会事实上分裂了。
孙文当然痛苦。但性格坚毅的他颇有些愈挫愈奋的劲头，思虑再三。孙文拿出的对策是改组组织，成立中华革命党。
经他亲手修订的新党成立宣言中颇有些封建意味的东西，“此次办法，务在正本清源：一、屏斥官僚，二、淘汰假革命党，以收完全统一之效，不致如第一次革命时代，异党入据，以伪乱真。
为此，孙文新成立的中华革命党要求党员入党时必须按指模。立誓约，愿意服从孙文的个人指挥。
孙文还对建国提出了三个时期的理论，及军政、训政和宪政三阶段。军政阶段是以积极武力扫除一切障碍而奠定民国基础，训政阶段是以文明法理，督率国民建设地方自治。等到自治完备之后，才创制宪法进入宪政时代。孙文认为，宪法颁布之日，即为革命成功之时。在此之前，都叫做革命期。
孙文明确强调，在宪政未成之前，一切军国庶政。悉归本党负完全责任。他还异想天开地将党员分为三等，明确他们不同的权利。在革命军未起义以前入党的为首义党员，他们在革命时期都称为元勋公民，享有一切参政执政之优先权利。革命军起义后入党的是协助党员，在革命期间称为有功公民，有选举和被选举的权利。等革命政府成立后入党的是普通党员。称为先进公民，只享有选举权了。