已亲政的孙亮再难忍受继诸葛恪、孙峻之后的第三个权臣，决心除掉孙纟林。他先将当年孙鲁育公主的死因翻出来，责问孙鲁班公主。孙鲁班道“当年我也是听了孙鲁育前夫朱据的两个儿子朱熊、朱损的谗言。他们说孙鲁育与孙仪等人合谋，欲杀孙峻。所以被孙峻先下手为强了”孙亮道“既如此，朕就赐死朱熊、朱损二人，为孙鲁育公主报仇”朱损是孙峻的妹夫。孙纟林上书为朱氏兄弟求情，但孙亮不听，下令处死二人。
孙亮接着开始与孙鲁班、刘丞、全尚等人密谋要对孙纟林下手。孙亮召来全尚之子全纪道“你父亲是朕的岳父。朕准备任命他做中军都督，让他严整士马。到时，朕会召孙纟林前来，你父亲就可率兵诛杀逆贼了。但你要切记：这番话你只能告诉你的父亲，绝不能告诉你的母亲。你母亲是孙纟林的堂姊，且妇人不晓大事，只顾母家。若万一漏泄出去，那就完了”全纪听了孙亮的话，将这番话只告诉了自己的父亲。可全尚竟将这番话又原原本本的告诉了自己的妻子。于是正如孙亮所担心的那样，这计划被泄露给孙纟林知道了。
9月26日，孙纟林先下手为强，派兵抓了全尚，又命孙恩将刘丞杀死在苍龙门外。然后将皇宫团团包围。这时的孙亮悔之莫及“朕乃大皇帝適子，在位已近六年半。孙纟林敢这般放肆，朕要去与他决一死战！你们谁敢不从”侍中、近臣、乳母急忙将孙亮劝止，孙亮长叹不食，对全皇后骂道“都是你的父亲没用，败朕大事”全纪道“我的父亲对不起陛下，臣也无面目再见陛下”遂自杀。
孙纟林召集群臣，开列孙亮的罪状，说自己要废了孙亮。群臣不敢违逆。于是孙纟林一面让光禄勋孟宗往告太庙，废孙亮为会稽王；一面让中书郎李崇带兵入宫，夺取玺绶；一面让群臣署名，将孙亮的罪状公告天下。尚书桓彝不肯署名，被纟林所杀。
接下来，孙纟林接受典国施正的建议，准备迎立孙权第六子、24岁的琅邪王孙休为帝。27日，宗正孙楷、中书郎董朝二人奉命前往会稽郡迎接孙休。孙耽则奉命送16岁的孙亮前往会稽郡就国。孙纟林还下令将全尚徙往零陵郡，并在半道上将其追杀。将孙鲁班公主徙往豫章郡。
孙休曾梦见乘龙上天，顾不见尾，惊为奇事。现在见到孙楷、董朝二人，仍不敢相信这样的好事会落到自己头上。一日两夜，孙休都没什么动作。孙、董二人反复劝说，孙休这才相信了，于是启程。10月17日，孙休到达曲阿县，遇一老人叩头阻路“事久变生，愿陛下速行”孙休便加快行程。当日进至布塞亭。
而此时的孙纟林因孙休还未到，便想入居宫中理事。百官皆惶怖失色，只有选曹郎虞汜坚决反对。孙纟林不乐而止。
孙纟林让其弟孙恩行丞相事，率百官以乘舆法驾，去永昌亭迎接孙休。就以武帐为便殿，设御坐。18日，孙休来到便殿，先让孙楷去见孙恩。孙楷回来后，孙休便乘辇来到东厢。孙恩奉上天子玺符，孙休三让乃受。然后继续往坐上乘舆，继续往皇宫前进。孙纟林率兵千人，在半道迎接。孙休下车答拜。然后来到正殿，下诏大赦，改元永安。
21日，孙纟林自称“草莽臣”诣阙上书，交出印绶、节钺，求避贤路。孙休亲自接见慰谕，下诏封孙纟林为丞相、荆州牧、增邑五县。孙恩为御史大夫、卫将军、中军督、封县侯。孙据、孙干、孙闿兄弟皆封将军、封侯。封长水校尉张布为辅义将军、永康侯。封董朝为乡侯。
当初，诸葛恪将琅琊王孙休徙封丹阳郡，丹杨太守李衡屡加侵侮，其妻习氏谏之不听。孙休无奈上书乞徙他郡，就被改徙会稽郡。现在孙休当了皇帝，李衡害怕孙休报复，对妻子习氏说自己打算投奔曹魏。习氏再次劝谏。这次李衡听了，亲自来到建业，入狱待罪。果不出习氏所料，孙休下诏将李衡赦免，又封他威远将军，授以棨戟。后来李衡想为子孙治产业，还是习氏劝谏，只在武陵种橘千株，李氏一门得以令终。
28日，孙休下诏：封废太子孙和的三个儿子：孙皓为乌程侯、孙德为钱唐侯、孙谦为永安侯。
群臣上奏请立皇后、太子。孙休下诏：后妃之号、嗣子之位，非所急也。
孙纟林一门五侯，皆掌禁兵，权倾人主。有一次，孙纟林带着牛、酒想去献给孙休，孙休不受，孙纟林便拿着这些牛、酒去到张布府上，一起共饮。酒酣之际，孙纟林道“当初我废孙亮时，就有人劝我自立。我因孙休贤明，才立他为帝。现在我真是后悔了”孙纟林走后，张布急忙将这番话去告诉孙休，孙休也决心要除掉孙纟林。但表面上却数加赏赐，极示恩宠。
11月5日，孙休下诏：将当初定策废孙亮立自己的众臣全部加赏。7日，孙休下诏：大将军孙纟林掌中外诸军事，事统烦多。现封孙恩为侍中，与大将军分省诸事。21日，孙休下诏：在永昌亭迎驾的诸将吏全部加位一级。
凡是有人向孙休密告孙纟林要谋反的，孙休全部将他们绑了交给孙纟林。孙纟林将这些密告者全都杀了。同时心里也开始害怕孙休会对自己下手。于是让亲信孟宗向孙休请求出屯武昌。得到孙休同意后，孙纟林将中营精兵万余人、武库的兵器，全部交给孟宗，让他带往武昌。孙纟林又上奏请求让中书两郎典知荆州诸军事，虽然有关部门上奏说中书不应外出，但孙休还是特批了。凡是孙纟林的请求，孙休一无所违。
将军魏邈、武卫士施朔等人再次密告孙纟林即将谋反。孙休来问张布。张布推荐了左将军丁奉能断大事。孙休立即召见丁奉。丁奉道“孙纟林兄弟支党甚盛，不可卒制。陛下可借腊八之会召见孙纟林，臣将埋伏兵马，将其诛杀”孙休点头同意。
12月7日，建业城中传出谣言“明天之会将有大变发生”孙纟林闻之不悦。当晚大风，发屋扬沙。孙纟林益惧。8日腊会。孙纟林便称病不去赴会。但孙休连派十余个使者来请，孙纟林不得已也只好应召。面对家人的劝阻，孙纟林道“陛下屡召，不可辞。你们可在府内放火，我将以此为由回家”
孙纟林入宫赴宴不久，家人就照孙纟林的吩咐放起火来。孙纟林便请求回家去看看。可孙休却道“外兵甚多，让他们去救火好了。何劳丞相亲往”孙纟林不答，只是离席欲出。丁奉、张布二人急忙喝令左右将孙纟林拿下。孙纟林叩头道“还请陛下饶命。臣愿徙交州”孙休道“你当初为何不将滕胤、吕据二人徙往交州呢”孙纟林又道“愿没为官奴”孙休道“你当初为何不将滕胤、吕据二人没为官奴，而非要杀了他们呢”孙纟林无话可答，被孙休下令斩首。