花光银子的洪大炮只好跑回香港，在英国教会“伦敦会”当了传教士，并跟着英国人理雅各、詹马士学习西方历法。
从上海归来后，他为太平天国宣传的声音反倒小了，这可能因为当时列强传教士早已和太平天国的人接触，知道洪秀全的上帝跟他们的上帝并非一码事，对洪仁玕云山雾罩的说辞，也失去了曾经有过的兴趣。
洪仁玕一心想去天京，但是他没有钱。他希望两位英国老师赞助，但理雅各反对。
“我去天京，可以改正洪秀全教义的错误，使之回归正统基督教，到时候，天国的中国人都真信上帝！”洪仁玕声称。
“No，你到了天京，不但不能改造洪秀全，自己还会被洪秀全改造。”理雅各不信，他任职伦敦会负责人期间，一直不许洪仁玕出走，回伦敦“出差”前还反复叮嘱詹马士“看牢洪仁玕”。
但詹马士对洪仁玕的说辞似乎比较动心，他不但借给洪仁玕一笔不菲的盘缠，还答应照料其妻子、儿子，就这样，1858年，洪仁玕踏上了再赴天京的旅程。
这一次他走的是陆路，一路走来也颇多蹊跷。他大约是这年阴历六、七月动身的，从南雄过梅岭进入江西，经过赣州、吉安到达饶州境内，却投进了清朝副将蔡康业的营盘，那年八月，已经被洪秀全任命为太平军主将杨辅清率部进攻蔡康业，大破之，洪仁玕居然跟着蔡康业的大军败退，连行李都丢了不少。
靠着老乡的关系，洪仁玕和蔡康业部一个军官合伙往湖北采购，再去天京走私，显然，这是他设法混进太平天国控制区的计策。他在教会学了医术，和那个军官动身去湖北龙平采购，半路上在黄梅医治了县令覃汉元侄子的头风病症，并得到许多方便，顺利完成采购，畅通无阻地东下安徽。令人哭笑不得的是，这个帮助过洪仁玕，还差点推荐他作师爷的知县，却是曾国藩授权主编的太平军情报汇总《贼情汇纂》的主要采访对象，更是从广西一路追杀太平军到湖北的团练首领。
到了安徽辰塘河地界，他发现当地有一支太平军驻扎，就甩开同伴，跑去自报家门，口若悬河，信誓旦旦，没见过世面的守将黄玉成不敢怠慢，赶紧派兵把这位“天王的弟弟”护送到天京，他到达的那一天，是1859年三月十三日，从此以后，他的命运发生了彻底的改变，摇身一变成了太平天国后期的领导人物。
“哥哥，我想死你了！在香港，无时无刻不想着天国，为天国积极宣传！”洪大炮毕竟私塾老师出身，嘴上功夫一流，一见面他就泪流满面，匍匐在在金龙殿下痛哭流涕，对洪秀全表达忠心，对太平天国一顿猛吹。
洪秀全这才想起有这么一个族弟，他在香港做了什么，洪秀全其实并不关心，重要的是洪秀全对朝政还是没有兴趣，他一心想着在金龙殿和妃嫔们过着酒池肉林的快乐生活。
这时的洪秀全也特别需要洪大炮这样的理论家，洪秀全的脑子并不糊涂，他是清醒的，天京内讧之后，天王洪秀全和东王杨秀清、北王韦昌辉等的权威都是一损俱损的，建筑在一种庞大的欺骗和谎言体制上的天国就已经摇摇欲坠，需要新的指导思想。
而一个人的阅历，决定了眼界；一个人的眼界，决定了见识！
在太平天国的人物中，洪仁玕的见识、学识都有过人之处，至少比广西那些土包子出身的农民将领要高明，多年在香港的游历、漂泊，也让他获得迥异于普通中国人的洞察力，看到了报纸，轮船等的先进东西，他后来的《资政新篇》得到很高评价，甚至曾国藩的幕僚赵烈文都惊呼“此文颇有见识，于夷情为谙熟，以此量之，似贼中不为无人也”。
这部书分法法类、用人查失类、风风类、刑刑类四编，强调“事有常变，理有穷通”，应因时制宜，审势而行，“法西洋之善法”，不仅学习引进西方先进武器、设备，还应系统学习其法规、制度，“变风气法度”，与“西人并雄”，平等发展外交；他主张兴办新型教育，培养人才；主张废除避讳等不合时宜的旧体制；主张“慎杀”、善待轻罪，依靠法治治国等。这些构想不仅超越了魏源的《海国图志》，甚至连只主张学习西方技术、不主张借鉴西方制度的洋务派也自叹不如，如能实现，的确是一桩幸事。
然而这本书，虽然得到洪秀全赏识，被洪秀全拿去亲笔批注，允许推广，但除了增加几个新潮官衔，几乎没有任何推进的迹象，洪秀全只是需要新的理论维持他骄奢淫逸的生活。
靠着天王洪秀全的“一见钟情”，不久，洪仁玕就被封为干天福，属于六等爵的第三等，几天后升干天义，也就是六等爵第一等，然后护京主将，和陈玉成、李秀成同级了。
四月初一，洪秀全封洪大炮为开朝精忠军师、钦命文衡正总裁、干王福千岁，总理朝正。除了已经出走的石达开，他是当时太平天国唯一的王爵、唯一的军师，被明确为“同南”，也就是说，地位同南王。石达开如果回来，都只能是他的下级。
洪秀全对洪大炮这样火箭提拔，还举贤不避亲，陈玉成和李秀成那些在沙场上卖命的武将不服是不奇怪的。洪仁玕以张良、姜太公自比，更是让他们很不爽，你姓洪的留个山羊胡就说别人都没文化，动动嘴皮子就封王，这他娘的对出生入死的将士不公平！于是，他们消极怠工，上演了一出要求封王的闹剧。
天王洪秀全没有办法，只得封陈玉成为英王，李秀成为忠王，天国上下大大小小封了上千个侯爵，这才勉强稳住了军心，没有****。
就这样，洪大炮在太平天国开始了得罪人的各种改革和折腾，一步步把天国带向了坟墓！