客观地说，眼下这场足以危及大明朝生死存亡的战争确如高仪当日所言，是由总督三边军务的兵部侍郎曾铣倡议恢复河套地区而引起的。
曾铣常年总督三边军务，曾在陕西、山西等地多次率军抗击过鞑靼的入侵，他认为，鞑靼俺答部占据河套地区之后，屡屡出动军队扰惊陕西、山西等地，边民饱受蹂躏，如被动防御则处处守制于人，不如主动出击，收复威胁整个西北边境的河套地区。因此，他于今年年初向朝廷上《请复河套疏》，提出“中国不患无兵，而患不练兵。复套之费，不过宣大一年之费。敌之所以侵轶无忌者，为其视中原之无人也。”的主张，建议朝廷集中兵力收复河套地区，一举拔掉蒙古进窥中原的落脚点，确保边城安宁。这一建议得到了朱厚熜和内阁辅夏言的赞同，自五月份以来，在曾铣的统一指挥下，明军延绥、宁夏和固原三镇兵马相继出塞袭击鞑靼涌入河套地区放牧的部众，俘虏人畜，激怒了鞑靼领俺答。俺答便兴师大举进犯明朝边境，为了获取最大的战果，他没有选择兵出偏远的陕西，而是选择进击大同，其目的在于拿下大同占领山西之后，富庶的北直隶便是他的囊中之物，至于近在咫尺的明朝国都北京，他似乎还没有那么大的野心和胃口。
大同重镇的守军一开始进行了坚决的抵抗，一连三天的激战使得鞑靼军蒙受了巨大的损失，俺答几乎有放弃进攻退回蒙古的念头，但一次征近乎全族精壮男子动一场战争，断然没有轻易败退的道理，俺答咬着牙命令部众再次起进攻，一定要袭破大同，打开南下的大门。
到了第四天，大同的城门楼上突然挂起了一面白旗；接着，大同城门也打开了，让鞑靼军队大吃一惊。疑心有诈的俺答直到大同总兵仇鸾出城拜见之后，才确信自己得了这天大的彩头。
轻而易举夺取大同重镇，令俺答十分高兴，仇鸾的投降更使他怀有侥幸的心理，就没有乘胜督率二十万大军大举进攻北京，而是驻军大同，派出小股部队四处搜山，大肆虏掠军民男妇作为奴隶，还听从仇鸾的建议，派出使者劝说自大同至京师各处关隘守将投降。
各处关隘的守军均义正词严地拒绝了俺答和仇鸾的诱降，将使者枭示众，在加强城防的同时，还派出部队积极进击往来剽掠的鞑靼军队，使敌人未能达到不战而胜的目的，反而浪费了大量的时间，失去了趁虚趁乱进攻北京的机会。
派到各处劝降的使者一去不复返，听到的尽是剽掠军队被伏击的消息，俺答终于明白了明朝军民坚决抗战的决心，这才醒悟过来，于九月十六日兵三路，一路绕过宣府、洪州堡，攻破居庸关以西的白羊口后，直逼北京；一路两万人从古北口、密云出；俺答与仇鸾亲率主力，攻破紫荆关，向北京进。驻守各城池关隘的明军皆因积弊重重，导致兵疲将弱，战力低下，遇到兵强马壮的鞑靼大军皆是一触即溃，偶有死守之臣也因兵不耐战，也未能守，终致鞑靼大军一路直杀至京师，数十万百姓或丧生敌手或被掠为奴隶，侥幸逃出生天的也只能流亡异乡，山西、河北局势一片糜烂。
各处关隘的守军尽管未能完成守土抗战的使命，却用自己的血肉之躯迟滞着鞑靼军队的进攻，为北京保卫战赢得了宝贵的时间。包括河北和顺天诸府卫所军、漕军以及山东沿海备倭军士在内的十五万军队已相继赶往北京；从京城并顺天各府之中紧急征招的近五万精壮之士也已编练成军，目前京城已经聚集了近三十万的军队，正在日夜加紧操练，严阵以待敌人的进犯。
可是，明朝整军备战的过程也并不顺利。
京师营团军遇到的刁难只是其中一例，积弊难除的大明官场在国家风雨飘摇的危难之时，还生了更为严重也更为搞笑之事。最让朱厚熜啼笑皆非的是，此事还是一直深得他信任和赏识的户部尚书马宪成和署理兵部的侍郎曾铣两人引起的。
各地勤王援军虽会聚京师，但因仓促出，都没有带粮食，又因调度驻防、划分防区，一时也顾不上去往通州军粮库领取粮秣，兵部便要求户部先行提供几日之需，再从各军粮饷中扣除即可；户部却说当日御前议事定下来各军若先敌抵达京师，该当自行前往通州领取，前期紧急调运到京师的存粮要做战时储备，轻易不得动用。公文转来转去，转了好几天也没有着落，兵士们只领到几张干饼充饥，士气受到很大影响。户兵两部闹到内阁辅夏言出面也还是各持一辞，互不相让，最后将官司打到了御前，朱厚熜大雷霆，责令户部先给各军放十日存粮，不能让士卒饿着肚子去打仗。后来兵部见鞑靼尚无立刻进兵之意，便安顿各军分批去往通州军粮库领取粮秣。各军士卒便有怨言，说什么历来从征吃的皇粮皆是由各地官府衙门征调运送，如今却要他们自家搬运；而顺天府征民夫运粮尚有脚力银，他们却未见分毫，朝廷处事如此不公，令将士齿冷心寒云云。兵部奏报朝廷之后，朱厚熜只好下令犒军。但户部声称江南夏赋尚未解送京师，太仓存银和周边数省当年征收的夏赋在整修城防工事及招募乡勇时业已告罄，犒军钱粮和诸项费用无从可出，朱厚熜再次大雷霆，声称再拿不出银子就要抄了户部自尚书马宪成至吏员一干人等的家挪作军用，户部这才将原来打着埋伏准备用于临时救急的五十万两银子拿了出来，跟皇上搜空内库找出了四十五万两凑在一起，很寒碜地给每位将士和义勇军民一人了二两银子。
九月二十八日，鞑靼三路大军相继攻至北京近郊，京师告急。朱厚熜再次召集内阁学士、六部九卿及京城三品以上的文武官员集体商议京城保卫战具体事宜，并专门将高拱、俞大猷和戚继光三人从军营中叫了回来，参加这次最高级别的御前军事会议。